- 1939-1945: We wrześniu 1939 r. budynek szkolny został zdewastowany i zniszczony przez wojska niemieckie, które zajęły go na koszary. Zbiory biblioteki szkolnej uratowali pracownicy szkoły, przechowywane były w podziemiach Kopalni Soli w Bochni.
- Próba otwarcia szkoły w pażdzierniku 1939 r. skończyła się fiaskiem. W listopadzie 1939 r. dyr. Piotr Galas zainicjował tajne nauczanie. Pierwszymi nauczycielami, którzy podjęli tę akcję, byli: Wiesława Kotowa, Zdzisław Zajączkowski (zginął w Oświęcimiu 1941 r.), Klemens i Janina Kietlińscy, Władysław Janik, Urszula Niwińska( więziona póżniej w Ravensbrück), Emil Język. Do końca 1944 r. dołączyli jeszcze: Antoni Chyl, Olga Chylowa, ks. Antoni Czapliński, Stanisław Fischer, Jan Gębica, Janina Golemowa, Julian Goslar, Jan Iwoński, Fryderyka Jarzębińska, Anna Kaczmarczykowa, Rudolf Kasprzyk, Bolesław Kazior, Józef Kluska-Stawowski, Jan Kot, Helena Kwapniewska, Zofia Maciejewska, Lucyna Marcoin, Franciszek Niewolak, Antonina Niwińska, Jadwiga Nowakówna, Leokadia Rodziewicz, Janina Sarnówna, Stanisława Sierpińska, Wanda Sroczyńska, Maciej Suwada.
- 1942: powstała zorganizowana struktura tajnego nauczania na terenie powiatu bocheńskiego - Powiatowa Komisja Oświaty i Kultury w Bochni, której dyrektorem był Emil Język, referentem do spraw szkolnictwa średniego został Piotr Galas.
- 1944: w akcji tajnego nauczania na terenie powiatu brało udział 64 nauczycieli i 423 uczniów, uczących się pod patronatem Gimnazjum i Liceum. Przeprowadzony został egzamin dojrzałości (duża matura).
Na podstawie publikacji "Bochnia Dzieje Miasta i Regionu" - suplement: "170 lat Gimnazjum w Bochni", 1988 (redakcja naukowa Zygmunt Ruta) - opracował mgr Jan Witek
